한 세대 경과일수가 짧아 알, 유충, 용(번데기), 성충이 함께 발생하고 있으므로 비교적 약제에 약한 약충은 약제 살포 시 사망률이 높다. 그러나 땅속의 번데기나 조직 속의 알은 상대적으로 생존율이 높아 방제가 어렵다. 따라서 시설재배의 경우 아주 심기(정식) 전에 앞 작물(전작물)의 잔해물을 제거하고 잡초 등 발생원을 제거하며 토양소독을 하여 번데기의 생존을 제거시키는 것이 중요하다. 오염되지 않은 건전한 묘를 사용하고 한냉사를 설치하여 시설 내로 성충의 유입을 막는 것이 중요하다.
약제방제는 발생 초기 낮은 밀도에서 효과가 있으며 높은 밀도가 되면 용이나 알이 살아남기 때문에 충분한 효과가 없다. 따라서 잎 뒷면이나 꽃, 신초 부위 등을 면밀히 조사하여 조기 발견에 노력하고 점착유인리본 등을 설치하여 낮은 밀도에서의 성충 밀도를 억제시킨다. 또한 용화를 방지하기 위하여 은색필름으로 바닥을 덮고 (멀칭), 고온 시에는 재배 후 5~7일간 밀폐하여 양열처리한다.
일본에서는 피망, 오이 하우스에서 근자외선 제거필름을 이용하기도 한다. 약제 저항성이 쉽게 생기므로 여러 가지 약제를 계획적으로 번갈아 살포(교호 살포)하는 것이 중요하다. 총채벌레는 발육기간이 짧고 증식력이 뛰어나 효과적인 방제를 위한 예찰이 중요하나 크기가 1mm 내외로 작아 피해가 나타나기 전까지는 육안조사로 발생여부를 확인하기가 어렵다.